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Das Max-Planck-Institut für Infektionsbiologie wurde 1993 gegründet. Nach anfänglicher Arbeit in provisorischen Laborräumen konnte 2000 der Institutsneubau bezogen werden. Er befindet sich in Berlin-Mitte unweit des Regierungsviertels auf dem traditionsreichen Campus der Charité, wo vor etwa 100 Jahren von Robert Koch und Emil Behring bereits wichtige Entdeckungen zu Infektionskrankheiten gemacht wurden.
Ausschlaggebend für die Standortwahl war die angestrebte enge Zusammenarbeit mit Universitäten und Kliniken zur Bearbeitung klinisch relevanter Projekte aus dem Bereich der Infektiologie. In dem Gebäude ist ebenfalls das Deutsche Rheuma-Forschungszentrum untergebracht, mit dem eine enge Zusammenarbeit besteht. Synergieeffekte werden durch die gemeinsame Nutzung der technischen Infrastruktur, der Bibliothek und weiterer wissenschaftlicher Einrichtungen erzielt.