Biochemie - Proteinanalyse

Die Core Facility Proteinanalyse vereint die Proteom-Aktivitäten des Instituts für Infektionsbiologie. Die klassische Proteomanalyse, welche die zweidimensionale Gelelektrophorese (2-DE) mit der Massenspektrometrie verbindet resultierte in einer Proteom-Datenbank mit mehreren tausend identifizierten Proteinen von Bakterien, eukaryontischen Geweben und Zellen. Posttranslationale Modifikationen und auch sechs nicht vorhergesagte Gene des Mykobakteriengenoms wurden aus Peptidmassenfingerprints mit MALDI-Massenspektrometrie oder ESI-MS und Proteinsequenzierung mit dem Edman-Abbau (in Kooperation mit der TU-Berlin) oder ESI-MS/MS (in Kooperation mit dem Max-Delbrück-Center) detektiert. Komplementäre Proteom-Technologien werden verwendet und entwickelt wie Immunoproteomics, Isotope-coded affinity tag Massenspektrometrie, posttranslationale Modifikations Proteomics und Subproteomics.

Die Struktur der Zentralen Einheit erlaubt eine Zusammenarbeit auf unterschiedlich intensiven Stufen:

• Service
• Mitbenutzung der Techniken
• Gemeinsame Planung und Durchführung von Projekten
• Erlernen von Techniken

Einsatz folgender Technologien

2-DE

• Probenvorbereitung
• Gele bis zu einer Größe von 30 x 40 cm
• Mehrere Detektionsmethoden
• Blotting
• Immunostaining
• Glycostaining

Massenspektrometrie (MS)

• In-Gel oder In-Lösung Verdau mit diversen Proteasen
• Identifizierung von Proteinen mittels MALDI MS +/- MALDI MSMS oder nano-LC MALDI MSMS
• Quantifizierung mittels Peptide-ITRAQ-Labelling
• SMART-HPLC

2-DE-Datenbank (in Kooperation mit der Bioinfomatik Core Facility): Aufbau einer 2-DE-Datenbank (http://www.mpiib-berlin.mpg.de/2D-PAGE/). Zugang zu N-terminaler Sequenzierung (Edman-Abbau), ESI-Ion Trap-MS, datenabhängige MS.