Publications

Zeitschriftenartikel (22)

2023
Zeitschriftenartikel
Key, F. M.; Khadka, V. D.; Romo-González, C.; Blake, K. J.; Deng, L.; Lynn, T. C.; Lee, J. C.; Chiu, I. M.; García-Romero, M. T.; Lieberman, T. D.: On-person adaptive evolution of Staphylococcus aureus during treatment for atopic dermatitis. Cell Host & Microbe 31 (4) (2023)
2022
Zeitschriftenartikel
Valtueña, A. A.; Neumann, G. U.; Spyrou, M. A.; Musralina, L.; Aron, F.; Beisenov, A.; Belinskiy, A. B.; Bos, K. I.; Buzhilova, A.; Conrad, M. et al.; Djansugurova, L. B.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Fernández-Eraso, J.; Frohlich, B.; Furmanek, M.; Hałuszko, A.; Hansen, S.; Harney, É.; Hiss, A. N.; Hübner, A.; Key, F. M.; Khussainova, E.; Kitov, E.; Kitova, A. O.; Knipper, C.; Kühnert, D.; Lalueza-Fox, C.; Littleton, J.; Massy, K.; Mittnik, A.; Mujika-Alustiza, J. A.; Olalde, I.; Papac, L.; Penske, S.; Peška, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.; Reinhold, S.; Stahl, R.; Stäuble, H.; Tukhbatova, R. I.; Vasilyev, S.; Veselovskaya, E.; Warinner, C.; Stockhammer, P. W.; Haak, W.; Krause, J.; Herbig, A.: Stone Age Yersinia pestis genomes shed light on the early evolution, diversity, and ecology of plague. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119 (17), e2116722119 (2022)
2021
Zeitschriftenartikel
Kocher, A.; Papac, L.; Barquera, R.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G. U.; Rivollat, M.; van de Loosdrecht, M. S.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz, T.; Nägele, K.; Parker, C.; Keller, M.; Guevara, E. K.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi-Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Nováček, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasil'ev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564) (2021)
Zeitschriftenartikel
Khadka, V. D.; Key, F. M.; Romo-González, C.; Martínez-Gayosso, A.; Campos-Cabrera, B. L.; Gerónimo-Gallegos, A.; Lynn, T. C.; Durán-McKinster, C.; Coria-Jiménez, R.; Lieberman, T. D. et al.; García-Romero, M. T.: The Skin Microbiome of Patients With Atopic Dermatitis Normalizes Gradually During Treatment. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 11, 720674 (2021)
Zeitschriftenartikel
Wu, X.; Ning, C.; Key, F. M.; Valtueña, A. A.; Lankapalli, A. K.; Gao, S.; Yang, X.; Zhang, F.; Liu, L.; Nie, Z. et al.; Ma, J.; Krause, J.; Herbig, A.; Cui, Y.: A 3,000-year-old, basal S. enterica lineage from Bronze Age Xinjiang suggests spread along the Proto-Silk Road. PLoS Pathogens 17 (9) (2021)
Zeitschriftenartikel
Immel, A.; Key, F. M.; Szolek, A.; Barquera, R.; Robinson, M. K.; Harrison, G. F.; Palmer, W. H.; Spyrou, M. A.; Susat, J.; Krause-Kyora, B. et al.; Bos, K. I.; Forrest, S.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Sauter, J.; Solloch, U.; Schmidt, A. H.; Schuenemann, V. J.; Reiter, E.; Kairies, M. S.; Weiß, R.; Arnold, S.; Wahl, J.; Hollenbach, J. A.; Kohlbacher, O.; Herbig, A.; Norman, P. J.; Krause, J.: Analysis of genomic DNA from medieval plague victims suggests long-term effect of Yersinia pestis on human immunity genes. Molecular Biology and Evolution (2021)
Zeitschriftenartikel
Key, F. M.; Khadka, V. D.; Romo-González, C.; Blake, K. J.; Deng, L.; Lynn, T. C.; Lee, J. C.; Chiu, I. M.; García-Romero, M. T.; Lieberman, T. D.: On-person adaptive evolution of Staphylococcus aureus during atopic dermatitis increases disease severity. bioRxiv (2021)
2020
Zeitschriftenartikel
Key, F. M.; Posth, C.; Esquivel-Gomez, L. R.; Hübler, R.; Spyrou, M. A.; Neumann, G. U.; Furtwängler, A.; Sabin, S.; Burri, M.; Wissgott, A. et al.; Lankapalli, A. K.; Vågene, Å. J.; Meyer, M.; Nagel, S.; Tukhbatova, R.; Khokhlov, A.; Chizhevsky, A.; Hansen, S.; Belinsky, A. B.; Kalmykov, A.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Stockhammer, P. W.; Vai, S.; Zavattaro, M.; Riga, A.; Caramelli, D.; Skeates, R.; Beckett, J.; Gradoli, M. G.; Steuri, N.; Hafner, A.; Ramstein, M.; Siebke, I.; Lösch, S.; Erdal, Y. S.; Alikhan, N.-F.; Zhou, Z.; Achtman, M.; Bos, K.; Reinhold, S.; Haak, W.; Kühnert, D.; Herbig, A.; Krause, J.: Emergence of human-adapted Salmonella enterica is linked to the Neolithization process. Nature Ecology & Evolution 4 (3), S. 324 - 333 (2020)
2019
Zeitschriftenartikel
Hübler, R.; Key, F. M.; Warinner, C.; Bos, K. I.; Krause, J.; Herbig, A.: HOPS: automated detection and authentication of pathogen DNA in archaeological remains. Genome Biology 20 (1), 280 (2019)
Zeitschriftenartikel
Spyrou, M. A.; Keller, M.; Tukhbatova, R. I.; Scheib, C. L.; Nelson, E. A.; Valtueña, A. A.; Neumann, G. U.; Walker, D.; Alterauge, A.; Carty, N. et al.; Cessford, C.; Fetz, H.; Gourvennec, M.; Hartle, R.; Henderson, M.; von Heyking, K.; Inskip, S. A.; Kacki, S.; Key, F. M.; Knox, E. L.; Later, C.; Maheshwari-Aplin, P.; Peters, J.; Robb, J. E.; Schreiber, J.; Kivisild, T.; Castex, D.; Lösch, S.; Harbeck, M.; Herbig, A.; Bos, K. I.; Krause, J.: Phylogeography of the second plague pandemic revealed through analysis of historical Yersinia pestis genomes. Nature Communications 10 (1), 4470 (2019)
Zeitschriftenartikel
Reher, D.; Key, F. M.; Andrés, A. M.; Kelso, J.: Immune Gene Diversity in Archaic and Present-day Humans. Genome Biology and Evolution 11 (1), S. 232 - 241 (2019)
2018
Zeitschriftenartikel
Krause-Kyora, B.; Susat, J.; Key, F. M.; Kühnert, D.; Bosse, E.; Immel, A.; Rinne, C.; Kornell, S.-C.; Yepes, D.; Franzenburg, S. et al.; Heyne, H. O.; Meier, T.; Lösch, S.; Meller, H.; Friederich, S.; Nicklisch, N.; Alt, K. W.; Schreiber, S.; Tholey, A.; Herbig, A.; Nebel, A.; Krause, J.: Neolithic and medieval virus genomes reveal complex evolution of hepatitis B. eLife 7, e36666 (2018)
Zeitschriftenartikel
Key, F. M.; Abdul-Aziz, M. A.; Mundry, R.; Peter, B. M.; Sekar, A.; D’Amato, M.; Dennis, M. Y.; Schmidt, J. M.; Andrés, A. M.: Human local adaptation of the TRPM8 cold receptor along a latitudinal cline. PLoS Genetics 14 (5), e1007298 (2018)
2017
Zeitschriftenartikel
Andrades Valtuena, A.; Mittnik, A.; Key, F. M.; Haak, W.; Allmäe, R.; Belinskij, A.; Daubaras, M.; Feldman, M.; Jankauskas, R.; Janković, I. et al.; Massy, K.; Novak, M.; Pfrengle, S.; Reinhold, S.; Šlaus, M.; Spyrou, M. A.; Szécsényi-Nagy, A.; Tõrv, M.; Hansen, S.; Bos, K. I.; Stockhammer, P. W.; Herbig, A.; Krause, J.: The Stone Age Plague and Its Persistence in Eurasia. Current Biology 27 (23), e8, S. 3683 - 3691 (2017)
Zeitschriftenartikel
Prüfer, K.; de Filippo, C.; Grote, S.; Mafessoni, F.; Korlević, P.; Hajdinjak, M.; Vernot, B.; Skov, L.; Hsieh, P.; Peyrégne, S. et al.; Reher, D.; Hopfe, C.; Nagel, S.; Maricic, T.; Fu, Q.; Theunert, C.; Rogers, R.; Skoglund, P.; Chintalapati, M.; Dannemann, M.; Nelson, B. J.; Key, F. M.; Rudan, P.; Kućan, Ž.; Gušić, I.; Golovanova, L. V.; Doronichev, V. B.; Patterson, N.; Reich, D.; Eichler, E. E.; Slatkin, M.; Schierup, M. H.; Andrés, A. M.; Kelso, J.; Meyer, M.; Pääbo, S.: A high-coverage Neandertal genome from Vindija Cave in Croatia. Science 358 (6363), S. 655 - 658 (2017)
Zeitschriftenartikel
Key, F. M.; Posth, C.; Krause, J.; Herbig, A.; Bos, K. I.: Mining Metagenomic Data Sets for Ancient DNA: Recommended Protocols for Authentication. Trends in Genetics 33 (8), S. 508 - 520 (2017)
2016
Zeitschriftenartikel
Key, F. M.; Peter, B.; Dennis, M. Y.; Huerta-Sánchez, E.; Tang, W.; Prokunina-Olsson, L.; Nielsen, R.; Andrés, A. M.: Selection on a Variant Associated with Improved Viral Clearance Drives Local, Adaptive Pseudogenization of Interferon Lambda 4 (IFNL4). PLoS Genetics 10 (10), e1004681 (2016)
Zeitschriftenartikel
de Filippo, C.; Key, F. M.; Ghirotto, S.; Benazzo, A.; Meneu, J. R.; Weihmann, A.; Parra, G.; Green, E. D.; Andrés, A. M.: Recent Selection Changes in Human Genes under Long-Term Balancing Selection. Molecular Biology and Evolution 33 (6), S. 1435 - 1447 (2016)
Zeitschriftenartikel
Key, F. M.; Fu, Q.; Romagné, F.; Lachmann, M.; Andrés, A. M.: Human adaptation and population differentiation in the light of ancient genomes. Nature Communications 7, e10775 (2016)
2014
Zeitschriftenartikel
Key, F. M.; Teixeira, J. C.; de Filippo, C.; Andrés, A. M.: Advantageous diversity maintained by balancing selection in humans. Current Opinion in Genetics & Development 29, S. 45 - 51 (2014)
2011
Zeitschriftenartikel
Lehnertz, B.; Rogalski, J. C.; Schulze, F. M.; Yi, L.; Lin, S.; Kast, J.; Ross, F. M. V.: p53-Dependent Transcription and Tumor Suppression Are Not Affected in Set7/9-Deficient Mice. Molecular Cell 43 (4), S. 673 - 680 (2011)
2010
Zeitschriftenartikel
Stittrich, A.-B.; Haftmann, C.; Sgouroudis, E.; Kühl, A. A.; Hegazy, A. N.; Panse, I.; Riedel, R.; Flossdorf, M.; Dong, J.; Fuhrmann, F. et al.; Heinz, G. A.; Fang, Z.; Li, N.; Bissels, U.; Hatam, F.; Jahn, A.; Hammoud, B.; Matz, M.; Schulze, F. M.; Baumgrass, R.; Bosio, A.; Mollenkopf, H.-J.; Grün, J.; Thiel, A.; Chen, W.; Höfer, T.; Loddenkemper, C.; Löhning, M.; Chang, H.-D.; Rajewsky, N.; Radbruch, A.; Mashreghi, M.-F.: The microRNA miR-182 is induced by IL-2 and promotes clonal expansion of activated helper T lymphocytes. Nature Immunology 11 (11), S. 1057 - 1062 (2010)
Zur Redakteursansicht