Publications

Journal Article (22)

2023
Journal Article
Key, F. M.; Khadka, V. D.; Romo-González, C.; Blake, K. J.; Deng, L.; Lynn, T. C.; Lee, J. C.; Chiu, I. M.; García-Romero, M. T.; Lieberman, T. D.: On-person adaptive evolution of Staphylococcus aureus during treatment for atopic dermatitis. Cell Host & Microbe 31 (4) (2023)
2022
Journal Article
Valtueña, A. A.; Neumann, G. U.; Spyrou, M. A.; Musralina, L.; Aron, F.; Beisenov, A.; Belinskiy, A. B.; Bos, K. I.; Buzhilova, A.; Conrad, M. et al.; Djansugurova, L. B.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Fernández-Eraso, J.; Frohlich, B.; Furmanek, M.; Hałuszko, A.; Hansen, S.; Harney, É.; Hiss, A. N.; Hübner, A.; Key, F. M.; Khussainova, E.; Kitov, E.; Kitova, A. O.; Knipper, C.; Kühnert, D.; Lalueza-Fox, C.; Littleton, J.; Massy, K.; Mittnik, A.; Mujika-Alustiza, J. A.; Olalde, I.; Papac, L.; Penske, S.; Peška, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.; Reinhold, S.; Stahl, R.; Stäuble, H.; Tukhbatova, R. I.; Vasilyev, S.; Veselovskaya, E.; Warinner, C.; Stockhammer, P. W.; Haak, W.; Krause, J.; Herbig, A.: Stone Age Yersinia pestis genomes shed light on the early evolution, diversity, and ecology of plague. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119 (17), e2116722119 (2022)
2021
Journal Article
Kocher, A.; Papac, L.; Barquera, R.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G. U.; Rivollat, M.; van de Loosdrecht, M. S.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz, T.; Nägele, K.; Parker, C.; Keller, M.; Guevara, E. K.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi-Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Nováček, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasil'ev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564) (2021)
Journal Article
Khadka, V. D.; Key, F. M.; Romo-González, C.; Martínez-Gayosso, A.; Campos-Cabrera, B. L.; Gerónimo-Gallegos, A.; Lynn, T. C.; Durán-McKinster, C.; Coria-Jiménez, R.; Lieberman, T. D. et al.; García-Romero, M. T.: The Skin Microbiome of Patients With Atopic Dermatitis Normalizes Gradually During Treatment. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 11, 720674 (2021)
Journal Article
Wu, X.; Ning, C.; Key, F. M.; Valtueña, A. A.; Lankapalli, A. K.; Gao, S.; Yang, X.; Zhang, F.; Liu, L.; Nie, Z. et al.; Ma, J.; Krause, J.; Herbig, A.; Cui, Y.: A 3,000-year-old, basal S. enterica lineage from Bronze Age Xinjiang suggests spread along the Proto-Silk Road. PLoS Pathogens 17 (9) (2021)
Journal Article
Immel, A.; Key, F. M.; Szolek, A.; Barquera, R.; Robinson, M. K.; Harrison, G. F.; Palmer, W. H.; Spyrou, M. A.; Susat, J.; Krause-Kyora, B. et al.; Bos, K. I.; Forrest, S.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Sauter, J.; Solloch, U.; Schmidt, A. H.; Schuenemann, V. J.; Reiter, E.; Kairies, M. S.; Weiß, R.; Arnold, S.; Wahl, J.; Hollenbach, J. A.; Kohlbacher, O.; Herbig, A.; Norman, P. J.; Krause, J.: Analysis of genomic DNA from medieval plague victims suggests long-term effect of Yersinia pestis on human immunity genes. Molecular Biology and Evolution (2021)
Journal Article
Key, F. M.; Khadka, V. D.; Romo-González, C.; Blake, K. J.; Deng, L.; Lynn, T. C.; Lee, J. C.; Chiu, I. M.; García-Romero, M. T.; Lieberman, T. D.: On-person adaptive evolution of Staphylococcus aureus during atopic dermatitis increases disease severity. bioRxiv (2021)
2020
Journal Article
Key, F. M.; Posth, C.; Esquivel-Gomez, L. R.; Hübler, R.; Spyrou, M. A.; Neumann, G. U.; Furtwängler, A.; Sabin, S.; Burri, M.; Wissgott, A. et al.; Lankapalli, A. K.; Vågene, Å. J.; Meyer, M.; Nagel, S.; Tukhbatova, R.; Khokhlov, A.; Chizhevsky, A.; Hansen, S.; Belinsky, A. B.; Kalmykov, A.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Stockhammer, P. W.; Vai, S.; Zavattaro, M.; Riga, A.; Caramelli, D.; Skeates, R.; Beckett, J.; Gradoli, M. G.; Steuri, N.; Hafner, A.; Ramstein, M.; Siebke, I.; Lösch, S.; Erdal, Y. S.; Alikhan, N.-F.; Zhou, Z.; Achtman, M.; Bos, K.; Reinhold, S.; Haak, W.; Kühnert, D.; Herbig, A.; Krause, J.: Emergence of human-adapted Salmonella enterica is linked to the Neolithization process. Nature Ecology & Evolution 4 (3), pp. 324 - 333 (2020)
2019
Journal Article
Hübler, R.; Key, F. M.; Warinner, C.; Bos, K. I.; Krause, J.; Herbig, A.: HOPS: automated detection and authentication of pathogen DNA in archaeological remains. Genome Biology 20 (1), 280 (2019)
Journal Article
Spyrou, M. A.; Keller, M.; Tukhbatova, R. I.; Scheib, C. L.; Nelson, E. A.; Valtueña, A. A.; Neumann, G. U.; Walker, D.; Alterauge, A.; Carty, N. et al.; Cessford, C.; Fetz, H.; Gourvennec, M.; Hartle, R.; Henderson, M.; von Heyking, K.; Inskip, S. A.; Kacki, S.; Key, F. M.; Knox, E. L.; Later, C.; Maheshwari-Aplin, P.; Peters, J.; Robb, J. E.; Schreiber, J.; Kivisild, T.; Castex, D.; Lösch, S.; Harbeck, M.; Herbig, A.; Bos, K. I.; Krause, J.: Phylogeography of the second plague pandemic revealed through analysis of historical Yersinia pestis genomes. Nature Communications 10 (1), 4470 (2019)
Journal Article
Reher, D.; Key, F. M.; Andrés, A. M.; Kelso, J.: Immune Gene Diversity in Archaic and Present-day Humans. Genome Biology and Evolution 11 (1), pp. 232 - 241 (2019)
2018
Journal Article
Krause-Kyora, B.; Susat, J.; Key, F. M.; Kühnert, D.; Bosse, E.; Immel, A.; Rinne, C.; Kornell, S.-C.; Yepes, D.; Franzenburg, S. et al.; Heyne, H. O.; Meier, T.; Lösch, S.; Meller, H.; Friederich, S.; Nicklisch, N.; Alt, K. W.; Schreiber, S.; Tholey, A.; Herbig, A.; Nebel, A.; Krause, J.: Neolithic and medieval virus genomes reveal complex evolution of hepatitis B. eLife 7, e36666 (2018)
Journal Article
Key, F. M.; Abdul-Aziz, M. A.; Mundry, R.; Peter, B. M.; Sekar, A.; D’Amato, M.; Dennis, M. Y.; Schmidt, J. M.; Andrés, A. M.: Human local adaptation of the TRPM8 cold receptor along a latitudinal cline. PLoS Genetics 14 (5), e1007298 (2018)
2017
Journal Article
Andrades Valtuena, A.; Mittnik, A.; Key, F. M.; Haak, W.; Allmäe, R.; Belinskij, A.; Daubaras, M.; Feldman, M.; Jankauskas, R.; Janković, I. et al.; Massy, K.; Novak, M.; Pfrengle, S.; Reinhold, S.; Šlaus, M.; Spyrou, M. A.; Szécsényi-Nagy, A.; Tõrv, M.; Hansen, S.; Bos, K. I.; Stockhammer, P. W.; Herbig, A.; Krause, J.: The Stone Age Plague and Its Persistence in Eurasia. Current Biology 27 (23), e8, pp. 3683 - 3691 (2017)
Journal Article
Prüfer, K.; de Filippo, C.; Grote, S.; Mafessoni, F.; Korlević, P.; Hajdinjak, M.; Vernot, B.; Skov, L.; Hsieh, P.; Peyrégne, S. et al.; Reher, D.; Hopfe, C.; Nagel, S.; Maricic, T.; Fu, Q.; Theunert, C.; Rogers, R.; Skoglund, P.; Chintalapati, M.; Dannemann, M.; Nelson, B. J.; Key, F. M.; Rudan, P.; Kućan, Ž.; Gušić, I.; Golovanova, L. V.; Doronichev, V. B.; Patterson, N.; Reich, D.; Eichler, E. E.; Slatkin, M.; Schierup, M. H.; Andrés, A. M.; Kelso, J.; Meyer, M.; Pääbo, S.: A high-coverage Neandertal genome from Vindija Cave in Croatia. Science 358 (6363), pp. 655 - 658 (2017)
Journal Article
Key, F. M.; Posth, C.; Krause, J.; Herbig, A.; Bos, K. I.: Mining Metagenomic Data Sets for Ancient DNA: Recommended Protocols for Authentication. Trends in Genetics 33 (8), pp. 508 - 520 (2017)
2016
Journal Article
Key, F. M.; Peter, B.; Dennis, M. Y.; Huerta-Sánchez, E.; Tang, W.; Prokunina-Olsson, L.; Nielsen, R.; Andrés, A. M.: Selection on a Variant Associated with Improved Viral Clearance Drives Local, Adaptive Pseudogenization of Interferon Lambda 4 (IFNL4). PLoS Genetics 10 (10), e1004681 (2016)
Journal Article
de Filippo, C.; Key, F. M.; Ghirotto, S.; Benazzo, A.; Meneu, J. R.; Weihmann, A.; Parra, G.; Green, E. D.; Andrés, A. M.: Recent Selection Changes in Human Genes under Long-Term Balancing Selection. Molecular Biology and Evolution 33 (6), pp. 1435 - 1447 (2016)
Journal Article
Key, F. M.; Fu, Q.; Romagné, F.; Lachmann, M.; Andrés, A. M.: Human adaptation and population differentiation in the light of ancient genomes. Nature Communications 7, e10775 (2016)
2014
Journal Article
Key, F. M.; Teixeira, J. C.; de Filippo, C.; Andrés, A. M.: Advantageous diversity maintained by balancing selection in humans. Current Opinion in Genetics & Development 29, pp. 45 - 51 (2014)
2011
Journal Article
Lehnertz, B.; Rogalski, J. C.; Schulze, F. M.; Yi, L.; Lin, S.; Kast, J.; Ross, F. M. V.: p53-Dependent Transcription and Tumor Suppression Are Not Affected in Set7/9-Deficient Mice. Molecular Cell 43 (4), pp. 673 - 680 (2011)
2010
Journal Article
Stittrich, A.-B.; Haftmann, C.; Sgouroudis, E.; Kühl, A. A.; Hegazy, A. N.; Panse, I.; Riedel, R.; Flossdorf, M.; Dong, J.; Fuhrmann, F. et al.; Heinz, G. A.; Fang, Z.; Li, N.; Bissels, U.; Hatam, F.; Jahn, A.; Hammoud, B.; Matz, M.; Schulze, F. M.; Baumgrass, R.; Bosio, A.; Mollenkopf, H.-J.; Grün, J.; Thiel, A.; Chen, W.; Höfer, T.; Loddenkemper, C.; Löhning, M.; Chang, H.-D.; Rajewsky, N.; Radbruch, A.; Mashreghi, M.-F.: The microRNA miR-182 is induced by IL-2 and promotes clonal expansion of activated helper T lymphocytes. Nature Immunology 11 (11), pp. 1057 - 1062 (2010)
Go to Editor View