Publications and Preprints

Fenk, M.; Hrdina, A.; Winans, J. B.; Soerensen, M.; Ostertag, L.; Coquery, E.; Sow, F.; Petros, S.; Stingu, C.-S.; Lippmann, N. et al.; Nadell, C. D.; Iatsenko, I.; Pasieka, B.; Key, F. M.: Colonization, translocation, and evolution of opportunistic pathogens during hospital-associated infections. bioRxiv: the preprint server for biology (2025)

Liao, H.; Conwill, A.; Light-Maka, I.; Fenk, M.; Mitchell, A. H.; Qu, E. B.; Torrillo, P.; Baker, J. S.; Key, F. M.; Lieberman, T. D.: High-accuracy SNV calling for bacterial isolates using deep learning with AccuSNV. bioRxiv: the preprint server for biology (2025)

Runge, A. K. W.; Light, I.; Massy, K.; Keller, M.; Trixl, S.; Kabral, H.; Kirkpatrick, C. L.; Bos, K.; Eger, J.; Ernée, M. et al.; Kyselý, R.; Hochmuth, M.; Poradowski, D.; Chrószcz, A.; Benecke, N.; Daněček, D.; Klementová, J.; Nagler, A.; Kalmykov, A. A.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Belinskiy, A. B.; Scheib, C. L.; Toderaş, M.; Hansen, S.; Stockhammer, P. W.; Kaniuth, K.; Uhl, R.; Reinhold, S.; Gillis, R. E.; Nelson, E. A.; Pawlowska, K.; Key, F. M.: Probing the zooarchaeological record across time and space for ancient pathogens. bioRxiv: the preprint server for biology (2025)

Light, I.; Hermes, T. R.; Bianco, R. A.; Semerau, L.; Kosintsev, P.; Alekseeva, V.; Kim, D.; Hanage, W. P.; Herbig, A.; Jeong, C. et al.; Warinner, C.; Key, F. M.: Bronze Age Yersinia pestis genome from sheep sheds light on hosts and evolution of a prehistoric plague lineage. Cell (2025)

L'Hôte, L.; Light, I.; Mattiangeli, V.; Teasdale, M. D.; Halpin, Á.; Gourichon, L.; Key, F. M.; Daly, K. G.: An 8000 years old genome reveals the Neolithic origin of the zoonosis Brucella melitensis. Nature Communications 15 (1), 6132 (2024)

Key, F. M.; Khadka, V. D.; Romo-González, C.; Blake, K. J.; Deng, L.; Lynn, T. C.; Lee, J. C.; Chiu, I. M.; García-Romero, M. T.; Lieberman, T. D.: On-person adaptive evolution of Staphylococcus aureus during treatment for atopic dermatitis. Cell Host & Microbe 31 (4) (2023)

Valtueña, A. A.; Neumann, G. U.; Spyrou, M. A.; Musralina, L.; Aron, F.; Beisenov, A.; Belinskiy, A. B.; Bos, K. I.; Buzhilova, A.; Conrad, M. et al.; Djansugurova, L. B.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Fernández-Eraso, J.; Frohlich, B.; Furmanek, M.; Hałuszko, A.; Hansen, S.; Harney, É.; Hiss, A. N.; Hübner, A.; Key, F. M.; Khussainova, E.; Kitov, E.; Kitova, A. O.; Knipper, C.; Kühnert, D.; Lalueza-Fox, C.; Littleton, J.; Massy, K.; Mittnik, A.; Mujika-Alustiza, J. A.; Olalde, I.; Papac, L.; Penske, S.; Peška, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.; Reinhold, S.; Stahl, R.; Stäuble, H.; Tukhbatova, R. I.; Vasilyev, S.; Veselovskaya, E.; Warinner, C.; Stockhammer, P. W.; Haak, W.; Krause, J.; Herbig, A.: Stone Age Yersinia pestis genomes shed light on the early evolution, diversity, and ecology of plague. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119 (17), e2116722119 (2022)

Kocher, A.; Papac, L.; Barquera, R.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G. U.; Rivollat, M.; van de Loosdrecht, M. S.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz, T.; Nägele, K.; Parker, C.; Keller, M.; Guevara, E. K.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi-Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Nováček, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasil'ev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564) (2021)

Khadka, V. D.; Key, F. M.; Romo-González, C.; Martínez-Gayosso, A.; Campos-Cabrera, B. L.; Gerónimo-Gallegos, A.; Lynn, T. C.; Durán-McKinster, C.; Coria-Jiménez, R.; Lieberman, T. D. et al.; García-Romero, M. T.: The Skin Microbiome of Patients With Atopic Dermatitis Normalizes Gradually During Treatment. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 11, 720674 (2021)

Wu, X.; Ning, C.; Key, F. M.; Valtueña, A. A.; Lankapalli, A. K.; Gao, S.; Yang, X.; Zhang, F.; Liu, L.; Nie, Z. et al.; Ma, J.; Krause, J.; Herbig, A.; Cui, Y.: A 3,000-year-old, basal S. enterica lineage from Bronze Age Xinjiang suggests spread along the Proto-Silk Road. PLoS Pathogens 17 (9) (2021)

Immel, A.; Key, F. M.; Szolek, A.; Barquera, R.; Robinson, M. K.; Harrison, G. F.; Palmer, W. H.; Spyrou, M. A.; Susat, J.; Krause-Kyora, B. et al.; Bos, K. I.; Forrest, S.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Sauter, J.; Solloch, U.; Schmidt, A. H.; Schuenemann, V. J.; Reiter, E.; Kairies, M. S.; Weiß, R.; Arnold, S.; Wahl, J.; Hollenbach, J. A.; Kohlbacher, O.; Herbig, A.; Norman, P. J.; Krause, J.: Analysis of genomic DNA from medieval plague victims suggests long-term effect of Yersinia pestis on human immunity genes. Molecular Biology and Evolution (2021)

Key, F. M.; Khadka, V. D.; Romo-González, C.; Blake, K. J.; Deng, L.; Lynn, T. C.; Lee, J. C.; Chiu, I. M.; García-Romero, M. T.; Lieberman, T. D.: On-person adaptive evolution of Staphylococcus aureus during atopic dermatitis increases disease severity. bioRxiv (2021)

Key, F. M.; Posth, C.; Esquivel-Gomez, L. R.; Hübler, R.; Spyrou, M. A.; Neumann, G. U.; Furtwängler, A.; Sabin, S.; Burri, M.; Wissgott, A. et al.; Lankapalli, A. K.; Vågene, Å. J.; Meyer, M.; Nagel, S.; Tukhbatova, R.; Khokhlov, A.; Chizhevsky, A.; Hansen, S.; Belinsky, A. B.; Kalmykov, A.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Stockhammer, P. W.; Vai, S.; Zavattaro, M.; Riga, A.; Caramelli, D.; Skeates, R.; Beckett, J.; Gradoli, M. G.; Steuri, N.; Hafner, A.; Ramstein, M.; Siebke, I.; Lösch, S.; Erdal, Y. S.; Alikhan, N.-F.; Zhou, Z.; Achtman, M.; Bos, K.; Reinhold, S.; Haak, W.; Kühnert, D.; Herbig, A.; Krause, J.: Emergence of human-adapted Salmonella enterica is linked to the Neolithization process. Nature Ecology & Evolution 4 (3), pp. 324 - 333 (2020)

Hübler, R.; Key, F. M.; Warinner, C.; Bos, K. I.; Krause, J.; Herbig, A.: HOPS: automated detection and authentication of pathogen DNA in archaeological remains. Genome Biology 20 (1), 280 (2019)

Spyrou, M. A.; Keller, M.; Tukhbatova, R. I.; Scheib, C. L.; Nelson, E. A.; Valtueña, A. A.; Neumann, G. U.; Walker, D.; Alterauge, A.; Carty, N. et al.; Cessford, C.; Fetz, H.; Gourvennec, M.; Hartle, R.; Henderson, M.; von Heyking, K.; Inskip, S. A.; Kacki, S.; Key, F. M.; Knox, E. L.; Later, C.; Maheshwari-Aplin, P.; Peters, J.; Robb, J. E.; Schreiber, J.; Kivisild, T.; Castex, D.; Lösch, S.; Harbeck, M.; Herbig, A.; Bos, K. I.; Krause, J.: Phylogeography of the second plague pandemic revealed through analysis of historical Yersinia pestis genomes. Nature Communications 10 (1), 4470 (2019)

Reher, D.; Key, F. M.; Andrés, A. M.; Kelso, J.: Immune Gene Diversity in Archaic and Present-day Humans. Genome Biology and Evolution 11 (1), pp. 232 - 241 (2019)

Krause-Kyora, B.; Susat, J.; Key, F. M.; Kühnert, D.; Bosse, E.; Immel, A.; Rinne, C.; Kornell, S.-C.; Yepes, D.; Franzenburg, S. et al.; Heyne, H. O.; Meier, T.; Lösch, S.; Meller, H.; Friederich, S.; Nicklisch, N.; Alt, K. W.; Schreiber, S.; Tholey, A.; Herbig, A.; Nebel, A.; Krause, J.: Neolithic and medieval virus genomes reveal complex evolution of hepatitis B. eLife 7, e36666 (2018)

Key, F. M.; Abdul-Aziz, M. A.; Mundry, R.; Peter, B. M.; Sekar, A.; D’Amato, M.; Dennis, M. Y.; Schmidt, J. M.; Andrés, A. M.: Human local adaptation of the TRPM8 cold receptor along a latitudinal cline. PLoS Genetics 14 (5), e1007298 (2018)

Andrades Valtuena, A.; Mittnik, A.; Key, F. M.; Haak, W.; Allmäe, R.; Belinskij, A.; Daubaras, M.; Feldman, M.; Jankauskas, R.; Janković, I. et al.; Massy, K.; Novak, M.; Pfrengle, S.; Reinhold, S.; Šlaus, M.; Spyrou, M. A.; Szécsényi-Nagy, A.; Tõrv, M.; Hansen, S.; Bos, K. I.; Stockhammer, P. W.; Herbig, A.; Krause, J.: The Stone Age Plague and Its Persistence in Eurasia. Current Biology 27 (23), e8, pp. 3683 - 3691 (2017)

Prüfer, K.; de Filippo, C.; Grote, S.; Mafessoni, F.; Korlević, P.; Hajdinjak, M.; Vernot, B.; Skov, L.; Hsieh, P.; Peyrégne, S. et al.; Reher, D.; Hopfe, C.; Nagel, S.; Maricic, T.; Fu, Q.; Theunert, C.; Rogers, R.; Skoglund, P.; Chintalapati, M.; Dannemann, M.; Nelson, B. J.; Key, F. M.; Rudan, P.; Kućan, Ž.; Gušić, I.; Golovanova, L. V.; Doronichev, V. B.; Patterson, N.; Reich, D.; Eichler, E. E.; Slatkin, M.; Schierup, M. H.; Andrés, A. M.; Kelso, J.; Meyer, M.; Pääbo, S.: A high-coverage Neandertal genome from Vindija Cave in Croatia. Science 358 (6363), pp. 655 - 658 (2017)

Key, F. M.; Posth, C.; Krause, J.; Herbig, A.; Bos, K. I.: Mining Metagenomic Data Sets for Ancient DNA: Recommended Protocols for Authentication. Trends in Genetics 33 (8), pp. 508 - 520 (2017)

de Filippo, C.; Key, F. M.; Ghirotto, S.; Benazzo, A.; Meneu, J. R.; Weihmann, A.; Parra, G.; Green, E. D.; Andrés, A. M.: Recent Selection Changes in Human Genes under Long-Term Balancing Selection. Molecular Biology and Evolution 33 (6), pp. 1435 - 1447 (2016)

Key, F. M.; Fu, Q.; Romagné, F.; Lachmann, M.; Andrés, A. M.: Human adaptation and population differentiation in the light of ancient genomes. Nature Communications 7, e10775 (2016)

Key, F. M.; Teixeira, J. C.; de Filippo, C.; Andrés, A. M.: Advantageous diversity maintained by balancing selection in humans. Current Opinion in Genetics & Development 29, pp. 45 - 51 (2014)

Key, F. M.; Peter, B.; Dennis, M. Y.; Huerta-Sánchez, E.; Tang, W.; Prokunina-Olsson, L.; Nielsen, R.; Andrés, A. M.: Selection on a Variant Associated with Improved Viral Clearance Drives Local, Adaptive Pseudogenization of Interferon Lambda 4 (IFNL4). PLoS Genetics 10 (10), e1004681 (2014)

Lehnertz, B.; Rogalski, J. C.; Schulze, F. M.; Yi, L.; Lin, S.; Kast, J.; Ross, F. M. V.: p53-Dependent Transcription and Tumor Suppression Are Not Affected in Set7/9-Deficient Mice. Molecular Cell 43 (4), pp. 673 - 680 (2011)

Stittrich, A.-B.; Haftmann, C.; Sgouroudis, E.; Kühl, A. A.; Hegazy, A. N.; Panse, I.; Riedel, R.; Flossdorf, M.; Dong, J.; Fuhrmann, F. et al.; Heinz, G. A.; Fang, Z.; Li, N.; Bissels, U.; Hatam, F.; Jahn, A.; Hammoud, B.; Matz, M.; Schulze, F. M.; Baumgrass, R.; Bosio, A.; Mollenkopf, H.-J.; Grün, J.; Thiel, A.; Chen, W.; Höfer, T.; Loddenkemper, C.; Löhning, M.; Chang, H.-D.; Rajewsky, N.; Radbruch, A.; Mashreghi, M.-F.: The microRNA miR-182 is induced by IL-2 and promotes clonal expansion of activated helper T lymphocytes. Nature Immunology 11 (11), pp. 1057 - 1062 (2010)